正在已往的几十年中,癌症免疫疗法极大天改动了肿瘤医治范畴。不外,固然像检查点阻断等医治要领可发生明显的临床回响反映,但其成效正在癌症患者或癌症范例中其实不匀称。因为肿瘤微情况的高度异质性和复杂性,需求对浸润淋巴细胞停止剖析,以表征不同类型免疫细胞的浩瀚根基特性,这些特性是癌症免疫疗法中很多已处理的题目的要害。

T细胞是一种淋巴细胞,正在细胞介导的免疫调节中起重要作用。经由过程细胞表面上存在的T细胞受体,能够将T细胞与其他淋巴细胞(比方B细胞和自然杀伤细胞)辨别开。大多数人类T细胞,称为αβT细胞,其细胞受体上的α和β链重排。泓迅科技可供应T细胞受体库测序及死疑剖析,以T淋巴细胞为研讨目的,接纳靶向扩增手艺获得TCR α&β的CDR3地区序列,并联合下通量测序手艺和生物信息学剖析手腕,深度剖析T细胞受体库的特性,为肿瘤、熏染、自身免疫等免疫相干疾病的临床试验、立异性医治等研讨供应敏捷、准确、牢靠的检测手腕。

服务上风

  • 奇特的内部数据发掘东西,对抗体测序效果停止预处理,最大水平制止假阳性等测序偏差
  • 完备的生物信息学剖析,经验丰富的抗体研讨团队,专有的抗体大数据平台,深度发掘下代价信息
  • 服务流程

    T细胞抗体测序剖析服务流程

    泓迅典范案例

    泓迅科技凭据客户所供应的样品,提取RNA,经由过程RACE等扩增要领,构建T细胞库,并经由过程下通量测序和后续的生物信息学剖析,出具完好的T细胞组库剖析讲演。
    效果展现:
    (1) VDJ 基因参考序列比对
    应用软件将每一个样本测序获得的序列取数据库中纪录的 VDJ 基因参考序列停止比对,凭据比对效果去除无效的序列,包孕一定对上、露停止密码子的序列。凭据每条序列的比对效果,肯定响应的 VDJ 基因的运用状况和详细的 CDR3 地区序列。

    (2) VDJ 基因运用频次剖析

    Table 1 TRA样本中 V 基因运用频次统计

    Gene_name Chain type Reads Frequency
    T21 TRA 158837 0.21722
    T13-1 TRA 85909 0.117486
    T9-2 TRA 81985 0.11212
    T38-2/DV8 TRA 50525 0.069096
    T4 TRA 37409 0.051159
    T20 TRA 24028 0.03286
    T2 TRA 23311 0.031879
    T7 TRA 22040 0.030141
    T12-1 TRA 19884 0.027193
    T5 TRA 17587 0.024051
    T1-2 TRA 16149 0.022085

    T细胞抗体测序剖析服务1
    T细胞抗体测序剖析服务2

    T细胞抗体测序剖析服务3 T细胞抗体测序剖析服务4

    (3) CDR3 地区长度剖析

    金沙贵宾会sands vip

    (4) CDR3品种剖析

    Table2 TRA测序统计CDR3氨基酸序列长度

    CDR3 Reads Frequency len
    DNNNDMR 3560 0.004869 7
    VISRTL 1688 0.002308 6
    AVTGNQFY 1397 0.00191 8
    AVDSNYQLI 899 0.001229 9
    AVNSGNTPLV 847 0.001158 10
    AVNRDDKII 718 0.000982 9
    AVEYGNKLV 700 0.000957 9
    AATDSWGKLQ 696 0.000952 10
    AVTSGSRLT 690 0.000944 9
    SRTL 676 0.000924 4
    AVQGGSEKLV 661 0.000904 10
    LVGDTGRRALT 540 0.000738 11

    Table 3 TRA测序统计CDR3核酸序列长度

    CDR3 Reads Frequency len
    GACAATAACAATGACATGCGC 3560 0.004869 21
    GTGATATCCAGAACCCTG 1533 0.002096 18
    TCCAGAACCCTG 676 0.000924 12
    GCTGTGGATAGCAACTATCAGTTAATC 647 0.000885 27
    GCTGTGGAATATGGAAACAAGCTGGTC 644 0.000881 27
    GCTGTGAACAGAGATGACAAGATCATC 599 0.000819 27
    GCTCTGAGTGACAATGACATGCGC 513 0.000702 24
    GCTCTGAGTGAATATGGAAACAAGCTGGTC 507 0.000693 30
    GCAGAGAGTTATAATGCAGGCAACATGCTCACC 493 0.000674 33
    GCTGTGAGTGGAGGCTTTGGGAATGTGCTGCAT 487 0.000666 33
    GCTGTGAGAGCCCCGACGTACAGCAGTGCTTCCAAGATAATC 407 0.000557 42

    CDR3品种剖析

    (5) 序列总长排序

    Table4 TRB氨基酸序列总长reads数

    氨基酸基因序列长度 氨基酸数量 品貌
    1491 147 0.096324
    620 139 0.044324
    540 143 0.040395
    516 147 0.041955
    496 141 0.043976
    433 145 0.041868
    366 109 0.041762
    387 148 0.039055
    504 143 0.042773
    260 148 0.032298

    (6) 样本测序饱和度剖析

    样本测序饱和度剖析 样本测序饱和度剖析1

    (7) V基因取J基因组合正在两个样本内雷同组合的差别,表现正在相干序列的Reads数的转变

    T细胞抗体测序剖析服务5

    服务详情

    服务称号 主要内容 剖析软件 托付周期 托付项目
    T细胞抗体测序剖析服务 测序数据发掘;
    抗体信息剖析等
    R, Python
    Software等
    7~10天 剖析讲演

    * 如需订购抗体测序服务,请相识相干服务:杂交瘤细胞抗体基因测序抗体组库/免疫组库测序,或详询support@synbio-tech.com

    抗体测序生信剖析服务订购

    1. Email:请将您的具体需求发送到support@synbio-tech.com
    2. 电话订购:您能够间接拨打免费热线4000-973-630转803js9900.com经验丰富的工程师
    3. QQ征询:任何手艺题目都可取我们在线互动,泓迅科技官方企业QQ:4000-973-630