由于构建的极为简朴性和极强的可编程性,CRISPR-Cas9基因组编纂体系正在遗传学挑选范畴的运用愈来愈普遍,而且有文献报导注解,用CRISPR-Cas9停止基因敲除的挑选效果比RNAi要越发有用和牢靠,而且特异性更高[1];而现在,基于CRISPR-Cas9体系的基因敲除挑选研讨曾经用于多个范畴的靶点和基因审定,如肿瘤生长[2]、药物耐受[3]、免疫应对[4]、细菌毒素易感性[5]等。

泓迅科技应用本地化的CRISPR-Cas9 sgRNA设想平台,针对每一个基因设想10个sgRNA,并制备成CRISPR-Cas9 sgRNA Panel文库,包孕的文库情势有质粒、缓病毒、体外转录sgRNA等,能够为肿瘤生长取退化研讨、细胞周期旌旗灯号通路中靶标挑选、细胞旌旗灯号通路遗传学挑选研讨等供应集成化的sgRNA文库产物。

CRISPR-Cas9 sgRNA Panel上风

  1. 聚焦集成化的CRISPR-Cas9 sgRNA Panel设想;
  2. 质粒、缓病毒、体外转录sgRNA等托付情势;
  3. 泓迅科技Syno®3.0下通量基因分解平台供应最低分解取构建本钱。

CRISPR-Cas9 sgRNA Panel文库挑选流程

文库挑选能够分为两品种型:阳性挑选和阴性挑选 ,两品种型均接纳取所研讨的表型相干的挑选要领。缓病毒CRISPR-Cas9 sgRNA文库的已有的挑选机制举例包孕:抗癌药物维罗非尼的抗药性靶点挑选、抗靡烂梭菌α毒素的靶点挑选、抗6-硫鸟嘌呤核苷酸的靶点挑选。Pooled Panel文库挑选的同时联合二代测序手艺能够准确评价目的基因会受挑选机制的影响。

sgRNA Panel挑选流程

sgRNA Panel挑选流程


挑选范例 区分
阳性/正向挑选 -运用文库
-挑选机制:大部分细胞殒命或没有胜利转入质粒或病毒
-拔取存活的细胞
-将存活的细胞停止二代测序
-获得取挑选机制相干的基因列表
阴性/反向挑选 -运用文库
-正在竖立对比组的基础上停止二代测序:运用文库,平行测序
-运用挑选机制,大部分细胞存活
-将存活的细胞停止二代测序
-对照两组细胞的测序效果
-获得由于增添挑选机制而消逝的sgRNAs列表


人类蛋白激酶sgRNA Panel文库

泓迅科技能够针对人类蛋白激酶基因供应sgRNA Panel文库,挑选出对细胞通路、细胞周期和细胞旌旗灯号转导历程具有调控感化的基因。从催化构造域的序列同源性剖析角度看,凌驾92%的人类蛋白激酶能够归为一个重大的卵白超家属,那个中又能够分为大抵9个家属,包孕:

蛋白激酶分类 举例
AGC蛋白激酶家属 PKA、PKC和PKG等,具体列表请点击查询
CAMK蛋白激酶家属 钙离子依靠的和钙调卵白依靠的蛋白激酶,具体列表请点击查询
CK1蛋白酶家属 酪蛋白激酶1等,具体列表请点击查询
CMGC蛋白激酶家属 CDK、MAPK、GSK3和CLK等蛋白激酶,具体列表请点击查询
STE蛋白激酶家属 取酵母Sterile7/11/20蛋白激酶的同源类似物激酶等,具体列表请点击查询
TK蛋白激酶家属 包含酪氨酸蛋白激酶等,具体列表请点击查询
TKL蛋白激酶家属 类酪氨酸蛋白激酶等,具体列表请点击查询
非典型蛋白酶家属 包含了ADCK、Brd蛋白激酶等,具体列表请点击查询
其他蛋白激酶家属 包含了NEK、Wnk等蛋白激酶,具体列表请点击查询

* 具体列表请征询:marketing@synbio-tech.com

参考文献:

1.Sanjana, N.E. (2016). Genome-scale CRISPR pooled screens. Anal. Biochem. Published online June 1, 2016. http://dx.doi.org/10.1016/j.ab.2016.05.014.
2. Shalem, O., Sanjana, N.E., Hartenian, E., Shi, X., Scott, D.A., Mikkelsen, T.S., Heckl, D., Ebert, B.L., Root, D.E., Doench, J.G., and Zhang, F. (2014). Genome-scale CRISPR-Cas9 knockout screening in human cells. Science 343, 84–87.
3. Shalem, O., Sanjana, N.E., and Zhang, F. (2015). High-throughput functional genomics using CRISPR-Cas9. Nat. Rev. Genet. 16, 299–311.
4. Parnas, O., Jovanovic, M., Eisenhaure, T.M., Herbst, R.H., Dixit, A., Ye, C.J., Przybylski, D., Platt, R.J., Tirosh, I., Sanjana, N.E., et al. (2015). A Genome-wide CRISPR Screen in Primary Immune Cells to Dissect Regulatory Net-works. Cell 162, 675–686.
5. Zhou, Y., Zhu, S., Cai, C., Yuan, P., Li, C., Huang, Y., and Wei, W. (2014). High-throughput screening of a CRISPR/Cas9 library for functional genomics in human cells. Nature 509, 487–491.

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