实核转录组测序以下通量测序为根蒂根基,可周全快速天得到某一物种特定细胞或构造正在某一状况下的所有转录本集合,用于研讨基因构造和基因功用、可变剪接和新转录本展望等。凭据有没有参考基因组,实核转录组测序能够分为:真核无参转录组测序和真核有参转录组测序。

真核无参转录组测序是对实核生物特定构造或细胞正在某个特定状况下转录的所有RNA停止测序;真核有参转录组测序是对实核生物特定构造或细胞正在某个特定状况下转录的所有mRNA停止测序,取参考基因组比对,既可周全快速剖析mRNA序列和歉度信息、又可对基因构造和发生的新转录本停止剖析。

服务上风

  • 测序质量下:接纳先辈的HiSeq 4000测序平台,快速、高效天读取下质量的测序数据
  • 掩盖度下:数字化旌旗灯号,间接测定险些所有转录本片断的序列
  • 链特异性文库:接纳dUTP链特异性文库构建计划,确保转录本的方向性,获得更正确的定量效果
  • 齐转录组分析:无需预先设想特异性探针,因而无需相识物种基因或基因组信息,可以或许间接对任何物种停止最周全的转录组分析
  • 联系关系剖析:结合多个组学数据,展开跨组学联系关系剖析
  • 手艺道路

    实核转录组测序

    服务详情

    服务项目 样本范例 测序形式 收样要求
    实核转录组测序 细胞,构造,齐血,血清,血浆,总RNA等 HiSeq 4000, PE150 发起总RNA肇端量:2 μg,最低1 μg,浓度≥50 ng/μL

    剖析项目

  • 真核有参转录组测序
  • 1. 原始数据产出统计
    2. 取参考基因组比对及统计
    3. 基因和转录本表达歉度剖析
    4. 转录组程度SNP和InDel剖析
    5. GO功能分析
    6. Unigene的GO(Gene Ontology)正文效果
    7. Unigene的KEGG代谢通路正文
    8. 差别表达基因的GO功用富集性剖析,KEGG代谢通路富集性剖析
    9. 新转录本展望
    10. 可变剪切剖析
    11. DEU(Different Exon Usage)剖析(限生物学反复样品)

  • 真核无参转录组测序
  • 1. 原始数据产出统计取根基量控处置惩罚
    2. 转录本拼接(凭据测序数据得到转录本序列)
    3. Unigene的transcript长度散布统计及GC含量统计
    4. 凭据拼接效果序列停止展望编码卵白框(CDS)
    5. Unigene功用正文(NR、Swissport、KOG、KEGG、Pfam)
    6. KEGG代谢通路剖析
    7. 基因差别表达谱分析(聚类图、散点图、火山图)
    8. Unigene的KOG正文效果
    9. 转录组程度SNV/SNP剖析
    10. Unigene的SSR剖析(SSR数据信息、SSR散布统计)
    11. 凭据RPKM盘算尺度对基因表达风姿停止剖析(表达量数据信息、表达状况统计)
    12. 样本间的基因表达差别剖析
    13. 差别表达基因的GO功用富集性剖析,KEGG代谢路子富集性剖析

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