CRISPR-Cas9体系用于lncRNA基因的下通量功用挑选

【配景】

正在CRISPR-Cas9体系的sgRNA能够对编码基因停止有用的编纂,同时sgRNA文库的竖立也能够实现基因组的大规模挑选。然则关于非编码基因来讲,sgRNA形成的插入/删除其实不会发生功用缺失的征象,很易判断非编码基因的功用。接纳paired sgRNAs(psgRNAs)战略对非编码基因停止编纂,可正在统一基因中形成两处断裂,构成大片断的缺失,从而影响表型改动。

【要领】

运用缓病毒载体构建了psgRNA文库,对人源肝癌细胞系Huh7.5OC停止基因组的700个lncRNA和别的5种癌症细胞停止敲除。NGS测序的要领检测基因编纂状况,并对功用缺失的细胞系停止挑选,探讨lncRNA基因对癌症细胞发展的影响。

6对 sgRNAs的位点设想

【结论】

  1. 人源肝癌细胞系Huh7.5OC挑选出51个lncRNA基因可以或许增进大概抑止肿瘤的发展,并发明局部基因会对多种癌症发展形成影响;
  2. paired sgRNAs挑选战略能够普遍的应用于哺乳动物所有的非编码RNA包孕microRNA、cis元素和其他已分类元素等(图3)。
  3. 6对 sgRNAs的 knock-out效力

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参考文献
Zhu, S., et al., Genome-scale deletion screening of human long non-coding RNAs using a paired-guide RNA CRISPR-Cas9 library. Nat Biotechnol, 2016.34(12): p. 1279-1286.